生物质颗粒燃烧机排放标准按照锅炉排放标准执行，目前执行的是GB13271-2014的锅炉排放标准。此标准规定了原有锅炉、新建锅炉以及重点地区的锅炉排放标准如下图：
稻草颗粒和木质颗粒在燃烧时都会产生氮氧化物，但是由于稻草中氮含量比较高，在燃烧时排放的氮氧化物要比木质颗粒高，稻草颗粒(N占0.87％)燃烧后NOx排放量约为315mg/m3，而木质颗粒(N占0.05％)为67mg/m3。可以看到稻草颗粒燃烧时氮氧化物的排放是远远超标的，但是可以采用过燃料分级、低氧燃烧、空气分级和烟气再循环等方法来进一步削减NOx的产生，使其排放量达到标准。生物质原料中硫的含量都非常低，在燃烧中会产生微量的二氧化硫，如果在富氧条件下进行燃烧，二氧化硫的排放几乎为零。生物质颗粒在燃烧时会排放颗粒物，可以配置水幕除尘器，使颗粒物排放达到标准以下。
